甘丹寺由50多座建筑组成，主要由措钦大殿、宗喀巴寝殿、羊八犍经院、宗喀巴灵塔祀殿、绛孜扎仓、夏孜扎仓及23个康村、20个米村组成。23个康村中，每个康都有一个经堂，多为二层楼建筑，沿山势而建，层层叠叠，远远望去，占据整个半山，规模宏大，颇为壮观。

措钦大殿（意为大经堂，即大雄宝殿）建于1409年，有大柱108根，可容纳3300名僧内同时诵经。殿内主供的是未来佛强巴佛，后增供宗喀巴等鎏金铜佛。殿中设有五只金色狮子承抬的法座，名为“甘丹拾赤”，也就是由宗喀巴创建黄教后的法座。大殿中有一根大柱很奇特，离开地面有一掌厚的距离，到甘丹寺朝佛的人都要摸一摸柱底，以祈祷吉祥。

措钦大殿左侧为羊八犍经院，高四层，顶层为宗喀巴灵塔祀殿即“色懂康”。据说铸造时耗费900两白银，灵塔周身饰以大量名贵珠宝，富丽堂皇。灵塔外罩有蒙古包状的檀香木帐幕，账内有帘幔，塔顶覆以伞盖，十分华美。

甘丹寺内有两大扎仓，夏孜扎仓和绛孜扎仓。绛孜扎仓（意为“北顶僧院”）是甘丹赤巴克主杰的寝殿，也是他日常起居静修之所。夏孜扎仓（意为“东顶僧院”）是宗喀巴亲传给夏尔巴仁钦坚赞所建。

甘丹寺中各殿内的壁画和雕塑都很精美，寺内珍藏的文物珍宝众多。其中有1757年清代乾隆皇帝赐予该寺镶满金银珠宝、书有汉满蒙藏四种文字的盔甲，纯金汗书写而成的藏文《大藏经》中的整套《甘珠尔》佛经，还有许多制作精美的丝织“唐卡”，宗喀巴的法座和圆寂时的禅床。有明永乐皇帝赠赐的24幅唐卡，还有固始汗的坐垫等，都是难得一见的珍宝。这一切足以显示甘丹寺历史之悠久和宗教地位之崇高。其中24幅唐卡每年都要摆出来展示给僧众信徒，时间长达三周，也由此形成了一年一度的“甘丹绣唐节”。