能仁寺位于白云山南面山麓登山公路的左侧。

能仁寺从北朝南，依山势而建，前、中、后共有3座主体建筑，分别是天王殿、大雄宝殿、慈云殿。大雄宝殿左侧建有六祖殿和地藏殿，右侧建有供游人香客小憩的小隐轩。
能仁寺的山门，为两柱一门一楼牌坊，五架人字顶，砖、木、石结构。门额为原石，正面阴刻“能仁古寺”，上款“咸丰元年（按：1851年）孟冬毂旦”，落款“南海何庭修书”。背面门额阴刻行书“同登彼岸”。

山门后为拾阶而上的幽径，通上前殿—天王殿。天王殿建筑面阔三间，进深两间，回廊周匝。重檐歇山顶，人字封火山墙做法。第二层墙体四面安装有“亚”字形木格活动窗，每面四扇。外围回廊护栏。钟、鼓楼与天王殿以围墙相连。两边围墙各开一山门通内外，天王殿后建有一长走廊，连接钟鼓楼。

天王殿前为宽阔的地坪，面积469平方米，地面铺砌边长0.60米的花岗岩打磨方砖，边缘三面砌有护栏，正面护栏下为石砌挡土坡墙，坡面用水泥塑出“无尘境界”4个红漆大字。

中殿为大雄宝殿，面阔七间，进深五间，回廊周匝。正间开大门口，大门上方悬挂黑漆木匾额，阴刻“大雄宝殿”4个隶书金漆大字。次间、梢间正面墙上安装“亚”字形木格窗棂，其余三面为砖砌墙体。

大雄宝殿左边为六祖殿和地藏殿，两殿相连，坐北朝南。梁、柱、屋顶为钢筋混凝土捣制。六祖殿正间为大门口，大门口上方悬挂黑漆木匾额，阴刻“六祖殿”3个金漆大字。两次间正面安置“亚”字形木格窗棂，其余三面砌砖墙。正间供奉六祖金漆立像。地藏殿与六祖殿相仿，殿中供奉地藏王金漆立像。大雄宝殿右边为玉虹涧、虎跑泉以及供游人香客小憩的隐轩。

后殿为慈云殿，与大雄宝殿建筑相仿。面阔五间，进深三间，回廊周匝。建筑平总面阔16.2米，总进深10.2米，占地面积165.24平方米。正间大门上方悬挂黑漆木匾额，阴刻“慈云殿”3个隶书金漆大字。殿内供奉观音菩萨金漆佛像及金童玉女像。慈云殿左上方为能仁寺后山门，可通往山顶公园，右方为茗静苑，后方紧靠绿树丛生的山坡，前方为开阔的地坪，慈云殿占地面积540平方米。殿前地坪边缘石栏杆下为石砌挡土坡墙。墙下有一泉眼，名为“甘露”。泉水不断涌出，漫出泉台地面。