汉石桥湿地生态系统基本处于半自然状态，在北京地区其独特的地理环境和优良的环境孕育了丰富的物种多样性，保护区有较大面积的芦苇沼泽、开阔水域、岸边 草丛、堤岸防护林带、农田等，为多种鸟类提供了适宜的栖息地，每年有大量的鸟类在保护区栖息繁殖。加之，保护区处于鸟类南北迁徙的必经之地，因此，每年的鸟类迁徙季节有大量鸟类在此停留觅食。汉石桥自然保护区共有鸟类14目46科153种。其中，雀形目鸟类最多，共计22科63种，占保护区鸟类种数的41.18%，其次为鸻形目5科21种，雁形目1科20种。在雀形目鸟类中，以鹀科鸟类占优势，共有11种，占雀形目鸟类的17.46%，其次是鶺鸰科和莺科，都为9种，占雀形目鸟类的28.57%。
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