明正德元年（一五零六）始，孤山上陆续建成建筑群。据史料记载，当年沿孤山南坡拾级而上，半腰有一座“蹑云”石坊，两边石柱刻有楹联：对此长江左蠡烟波今宛在，位当绝顶西湖风月定何如。题额和楹联均为明万历四十二年（一六一四）靖江知县手书。可见蹑云坊已有近四百年历史，是靖江城现存较早的石坊。坊下有摩崖碑刻“嘉靖丙戌年夏湖南三紫道人易子伯贞祷雨于此”，是明嘉靖丙戌年（一五二六）夏，湖南三紫道人易子伯贞在此祈雨的纪念。蹑云坊向东不远处，有关圣大帝祠，折转向西有土神祠，再向西转而向北为山门，门东有三茅真君祠，门西高坡为仙人台，古柏丛中有观音庵。正北有重门，进入重门到东岳行宫，是孤山寺的正殿。殿内有佛像百尊，金碧辉煌。寺后有“不孤亭”，翘角飞檐，雕梁画栋。后山顶上有“望江楼”，登楼远眺，澄江如练，平畴百里。几百年沧海桑田，孤山寺除蹑云坊尚存遗迹外，当年的建筑都已毁圮。蹑云坊两侧对联，惜因年代久远，早已剥蚀殆尽。孤山景观也发生很大改变。一九九三年，孤山庙会恢复。十多年来，孤山寺先后复建了山门殿、观音殿、大雄宝殿、三宝楼等设施。寺内六米多高汉白玉观音像，及八米高的铁铸药师佛像，是周边地区同材质中较大的佛像。如今，孤山曲径通幽，晨钟暮鼓，香烟缭绕。每年农历三月初三，孤山举办庙会，靖江和周邻县镇的善男信女朝山进香，人如潮涌。