博孜墩地处天山山脉南麓、托木尔峰自然保护区境内，海拔大部分在1500~3500米，山体多系浅切割中山；耕地大部分分布在海拔2000米以下的山坡地、谷地和台地，天然草场130万亩，主要分布在海拔1500~3600米之间，境内有山峰3座，其中琼库孜巴依乔喀峰为制高，海拔6124米。
景区位于天山山脉，有高山冰川，雪山五彩山、草原、戈壁等不同景观类型。
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