馆内分为四个主要展区可以参观：
【资讯区】马祖在地动植物介绍及标本，让游客在了解蓝眼泪的同时，也能对马祖原生动植物能有所了解
【影音互动区】 透过先进的科技捕捉这种自然奇观，身临其境的互动投影，沉浸式环境和360° 虚拟现实营造，让民众在观赏影片之余也能仿佛置身于悠游大海中 ，享受被蓝眼泪大海环抱的体验
【蓝眼泪体验区】蓝眼泪生态馆将台湾海洋大学研究的蓝眼泪培育成果带回蓝眼泪的故乡
【游戏互动区】透过互动电视墙、AR 体验、智慧问答桌及 QR code 照相机台等等，玩乐中吸收相关知识
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